三株医药生物研究所自1993年以来，在吴炳新董事长的亲自领导下，经过全体科研技术人员的潜心研究、努力探索，形成了三株公司独有的益生菌共生发酵专利技术和益生菌共生发酵中药专利技术优势，开发了一系列国内首创、国际领先的益生菌发酵产品。共获国内发明专利8项，欧盟、日本、韩国发明专利各1项，正在审查中的专利三项，为公司的再次辉煌发展提供了强有力的支撑。

二十年来，研究所立足现代生物技术，主要致力于研究益生菌菌体及其代谢物、调节内源性益生菌生长及益生菌修饰和转化天然药物制剂的研究，其间做了大量的科研基础研究及临床方面的工作。公司首个微生态制剂产品三株口服液投入市场后，取得了巨大的经济效益和社会效益。三株口服液突破了当时微生态制剂研究的局限性，引领了微生态制剂新的开发方向，突破并发展了益生剂的概念，并得到了国际学术的高度认可，这一技术性的突破工作完全符合了1996年德国的国际会议上有关益生菌制剂概念的修订内容。国药准字号产品扶正散结合剂为国内首个益生菌发酵中药的药准字号产品，突破并发展了传统的中药加工生产工艺，科学技术成果鉴定为“国内首创、国际领先”水平。此产品获国内发明专利一项，欧盟、日本、韩国发明专利各1项。此后又开发了保健食品保腾康口服液、赐慧宝口服液、古松泰胶囊，此三个产品均获国内发明专利各一项。近年来，又开发了一系列的益生菌发酵植物饮品和固态的冲剂，包括五株王、三宝汤、菌菇艾克、菌葛汤、茯玫饮、雪利开、微生态饮、卫士康、常维舒、复合益生菌胶原蛋白肽冲剂、山楂葛根固体饮料等。